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微生物对反渗透膜的污染，重点还是在于预处理部分，常常都会采用的方法有：氯化法杀菌、药剂杀菌、臭氧杀菌、紫外线杀菌。

1、氯化法杀菌

氯化处理要注意反应浓度与时间，一般时间控制在30分钟左右，在使用氯、二氧化氯、次氯酸钠处理时，对于聚酰胺反渗透膜是要采取脱氯处理，防止氧化反渗透膜元件。余氯可以通过活性炭去除掉。

注意：活性炭可以去除余氯，但是活性炭也是细菌繁殖的喜爱地带，所以说对活性炭定期的灭菌处理也是很有用的。亚硫酸氢钠不仅是常用的杀菌灭藻剂，同时亚硫酸氢钠还是常用的还原剂可以去除余氯。 

2、臭氧杀菌

臭氧可具有强氧化作用是细菌的劲敌。但是臭氧在预处理中使用，要脱除臭氧本身，一般不建议在反渗透膜预处理中使用臭氧杀菌。

3、紫外线杀菌

紫外线也能有效的去除细菌，但是在预处理中，水质的浊度、色度、胶体以及有机物都会减弱杀菌灭藻剂的效果，所以在反渗透膜预处理中一般不适用紫外线杀菌。

4、杀菌消毒药剂消毒

常用的反渗透杀菌剂，可以分为氧化性和非氧化性杀菌剂，亚硫酸氢钠在预处理中也是较为常用的杀菌剂。

注意：应该定期的对反渗透系统杀菌，做好预防性杀菌，同时亚硫酸氢钠杀菌剂也要短暂的加入，对于已经微生物污染的反渗透膜系统，停止运行进行杀菌。