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1、细菌污染 

细菌污染也会导致脱盐率降低、系统压降明显增加、系统产水量明显降低，这个时候可以用：PH值10,2%三聚磷酸钠溶液，0.8%EDTA四钠（严重时更换为0.25%的Na-DDBS),在40℃的温度下清洗；有时也可以用0.1%NaOH和0.03%SDS，PH=11.5溶液清洗。

2、碳酸钙垢

在阻垢剂添加系统出现故障时或加酸系统出现而导致给水PH升高，那么碳酸钙就有可能沉积，应尽早发现碳酸钙垢沉淀的发生，以防止生长的晶体对反渗透膜表面产生损伤。可以用降低给水PH至3.0～5.0之间运行1～2小时的方法去除。

3、硫酸钙垢

当反渗透膜产生硫酸钙垢时，一般特征为：脱盐率明显降低、系统压降稍有或适度增加以及系统产水量稍有降低。清洗方法可以是：PH值10,2%三聚磷酸钠溶液，0.8%EDTA四钠（严重时更换为0.25%的Na-DDBS)在40℃温度的温度下对膜进行清洗，有时也可用PH小于10的NaOH水溶液清洗。

4、金属氧化物垢

可以使用上面所述的去除碳酸钙垢的方法，很容易地去除沉积下来的氢氧化物，可以用，氨水调PH值4,2%的柠檬酸溶液，在40C温度下清洗，有时也可以用PH2-3（0.5%）的盐酸水溶液清洗。

5、无机盐沉淀物污染

其他无机盐的沉淀物，可以用以下方法清洗： 2%柠檬酸溶液，氨水调PH值4，温度40C，也可用PH2-3（0.5%）的盐酸水溶液清洗。

6、有机沉积物

有机沉积物(例如微生物粘泥或霉斑)的去除可以用：PH值10,2%三聚磷酸钠溶液，0.8%EDTA四钠（严重时更换为0.25%的Na-DDBS),温度40C清洗。为了防止再繁殖可使用经认可的杀菌溶液在系统中循环、浸泡，一般需较长时间浸泡才能有效。